यह सर्वविदित है कि मुगल बादशाह शाहजहाँ की मृत्यु आगरा के किले के मुसम्मन बुर्ज में हुई थी, लेकिन बहुत कम लोगों को पता होगा कि उसकी मृत्यु का कारण क्या था। दरअसल, शाहजहाँ को मूत्र रोग हो गया था और वह बेहद बीमार हो गया था। आठ साल तक बीमारी से जूझने के बाद उनका निधन हो गया।
इतिहासकार आरके शर्मा के अनुसार, शाहजहाँ दिल्ली के लाल किले में इस बीमारी से पीड़ित था। यदि उसे रोग न होता तो औरंगजेब इतना शक्तिशाली न होता। जब शाहजहाँ मूत्र रोग से अत्यधिक परेशान था, तो उसे डॉक्टरों ने जलवायु परिवर्तन करने के लिए कहा। उसका बेटा दारा शिकोह उसे लेने लाल किले पर पहुंचा। वह शाहजहाँ को लेकर आगरा की ओर चल पड़ा। तभी यह अफवाह फैली कि शाहजहाँ की मृत्यु हो गई है। जब तक शाहजहाँ आगरा का किला पहुँचा, तब तक मृत्यु की अफवाह ने पूरे साम्राज्य में हलचल मचा दी थी। उसके पुत्र औरंगजेब को तब दक्षिण भारत का सूबेदार नियुक्त किया गया था। इसकी जानकारी भी उन्हें मिली है। औरंगजेब के विद्रोही स्वभाव को देखकर, शाहजहाँ ने अपने सबसे बड़े बेटे, दाराशिकोह को अपना उत्तराधिकारी घोषित कर दिया।
फिर, शाहजहाँ के पुत्र सिंहासन के लिए लड़ने लगे। 10 मई, 1658 को उसने आगरा के निकट सामूगढ़ में बड़े भाई दारा शिकोह को हराया। अंततः औरंगजेब जीत गया और दारा शिकोह को फांसी दे दी गई। औरंगजेब फिर आगरा आया और लाल किले को घेर लिया और किले को रसद की आपूर्ति बंद कर दी। बाद में, शाहजहाँ को मजबूर होकर औरंगजेब को किला सौंपना पड़ा और वह उसका बंदी बन गया। शाहजहाँ की सबसे बड़ी बेटी जहाँआरा आखिरी समय तक उसके साथ रही। कैद में शाहजहाँ को सारी सुविधाएँ मिलती थीं। आठ साल की कैद के बाद, शाहजहाँ फिर से बीमार पड़ गया और जनवरी 1666 में उसकी मृत्यु हो गई। कहा जाता है कि औरंगजेब ने शाहजहाँ को मारने के लिए दो बार जहर भेजा था। लेकिन जिन हाकिमों से उसने जहर भेजा था, वे शाहजहाँ के वफादार थे और शाहजहाँ को जहर देने के बजाय वह खुद जहर खाकर मर गया।